克里斯汀程

目前的澳门威尼斯人注册网站研究

我们的实验室澳门威尼斯人注册网站研究转录调控网络，旨在全面了解异常调控回路如何导致人类疾病。 临床组织样本的异质性一直是澳门威尼斯人注册网站研究人类疾病的主要障碍。 能够一次执行数千个单细胞的功能基因组图谱使我们能够解剖异质组织样本或细胞群，而无需对每个亚群进行分离和分类。 我们利用和开发基于微流控液滴装置的新型大规模平行单细胞转录组学和表观遗传分析技术来澳门威尼斯人注册网站研究异质临床组织样本和患者血液免疫细胞群。

多细胞生物的复杂行为源于功能特化细胞类型的合作。 然而，由于缺乏或混杂特定细胞表面标记的表达，将细胞混合物反褶积成不同的亚群可能具有挑战性。 在其中一个项目中，我们对2000多个单细胞进行了单细胞表观遗传分析（ATAC-seq），以发现静息和病原体刺激的树突状细胞的新生细胞状态分类。 我们发现染色质可及性的显著差异，这可以系统地与单个细胞中特定反式因子和顺式元件的活性联系起来。 利用超过35000个单细胞的大规模平行单细胞rna测序、多参数流式细胞术和CRISPR编辑敲除澳门威尼斯人注册网站研究进行整合分析，验证了对相同病原体刺激具有功能不同反应的全新定义的发育细胞状态。 This study highlights principles of cell-type specific networks underlying complex cellular behaviors – and the ability to interrogate these states ‘bottom-up’ using single cell epigenomic profiling.

在另一个项目中，我们利用个体之间的表观遗传变异性作为扰动工具来剖析转录调控网络。 绝大多数与复杂人类特征相关的遗传变异都位于非编码区和基因调控区，但人们对这些遗传变异如何调节健康和疾病中的基因调控知之甚少。 利用最近可用的一种检测方法，转座酶可及染色质检测（ATAC-seq），对开放染色质进行快速和敏感的表观基因组分析，我们对来自100名健康个体的活化的人CD4+ T细胞进行了ATAC-seq和RNA-seq，以鉴定atac - qtl：与染色质可及性变异性相关的遗传变异。 我们发现atac - qtl分布广泛，破坏了对CD4+ T细胞分化和激活重要的已知转录因子的结合位点，重叠并介导来自相同细胞的qtl表达，并且富集了与自身免疫性疾病相关的snp。 我们的澳门威尼斯人注册网站研究结果提供了遗传变异如何调节在许多人类疾病中起关键作用的原代免疫细胞中的染色质状态和基因表达的见解。

目前的项目重点是在2型糖尿病、物质成瘾和阿尔茨海默病患者样本中应用大规模平行单细胞转录组学和表观遗传学分析，目的是寻找诊断标记和治疗靶点。

选定的出版物

• Cheng CS*, Gate RE*, Aiden AP, Siba A, Tabaka M, Lituiev D, Machol I, Subramaniam M, Shamim M, Hougen KL, Wortman I, Huan SC, Durand NC，冯涛，De Jager PL, Chang HY, Aiden EL, Benoist C, Beer MA, Ye CJ§，Regev A§（2017）人类细胞染色质可及性和基因调控的遗传决定因素。 Accepted for publication in 自然遗传学 预印本。 (* Equal contribution; §通讯作者)
• Soto-Feliciano YM, Bartlebaugh JME, Liu Y, Sánchez-Rivera FJ, Bhutkar A, Weintraub AS, Buenrostro JD, Cheng CS, Regev A, Jacks TE, Young RA, Hemann MT (2017) PHF6通过谱系特异性基因染色质组织调节表型可塑性。 Dev的基因。 31日(10):973 - 989。 PMID: 28607179
• 程春华*，刘建军，刘建军，李建军，李建军，李建军，李建军，李建军（2017）基因转录调控机制的澳门威尼斯人注册网站研究进展。 电池系统 PII: s2405 - 4712 (17) 30012 - 1 (* Equal contribution)
• Sanjana NE, Wright J, Zheng K, Shalem O, Fontanillas P, jounj, Cheng CS, Regev A，张峰（2016）人类非编码基因组的高通量解剖。 科学 353(6307): 1545 - 1549。 PMID: 27708104
• Cheng CS, Rai K, Garber M, Hollinger A, Robbins D, Anderson S, Macbeth A, Tzou A, Carneiro MO, Raychowdhury R, Russ C, Hacohen N, Gershenwald JE, Lennon N, Nusbaum C, Chin L, Regev A, Amit I (2013) Semiconductor-based DNA sequencing of histone modification states. 自然通讯. 4:2672。 PMCID: PMC3917140
• Garber M, Yosef N, Goren A, Raychowdhury R, Thielke A, Guttman M, Robinson J, Minie B, Chevrier N, Itzhaki Z, Blecher-Gonen R, Bornstein C, Amann-Zalcenstein D, Weiner A, Friedrich D, Meldrim J, Ram O, Cheng C, Gnirke A, Fisher S, Friedman N, Wong B, Bernstein BE, Nusbaum C, Hacohen N, Regev A, Amit I（2012）高通量染色质免疫沉淀方法澳门威尼斯人注册网站研究动物动态基因调控原理。 摩尔细胞 47(5): 810 - 22所示。 PMCID: PMC3873101
• 程国成，Feldman KE, Lee J, Verma S，黄德宝，黄永康，张敏，Ponomarenko JC, Sun SC, Benedict CA, Ghosh G, Hoffmann A（2011）干扰素应答元件在NFkB p50抑制中的特异性。 科学的信号 4 (161): ra11。 PMCID: PMC3096068
• 程春生，庄立林，Hoffmann A（2008）表观遗传控制：缓慢与全局、灵活与局部。 基因与发育 22日(9):1110 - 4。 PMCID: PMC2732403