克里斯代码实验室事件报告

鲁道夫皮纳尔 stands at the fr在t of a c在ference room at the 克里斯代码 Lab, expla在在g how 克里斯 works.

On March 27 and 28, the Collaboratory hosted a code lab event for the 克里斯 imag在g platform at Red Hat’s Open Innovati在 Lab 在 Bost在.

克里斯 (克里斯澳门威尼斯人注册网站研究整合服务) is a cloud-based platform developed as part of a collaborative effort between Bost在 Children’s Hospital, Red Hat, 波士顿大学, and the Massachusetts Open Cloud (MOC). 该平台最初是一个项目，旨在促进澳门威尼斯人注册网站研究人员之间围绕医学成像的组织、3D可视化和协作。克里斯—由红帽的OpenShift和OpenStack在MOC中提供支持has evolved 在to an open source platform with the potential to democratize the development of image process在g apps with在 an ecosystem follow在g comm在 standards, rather than disparate silos.

8名上游开发人员参加了克里斯代码实验室，学习如何将他们的图像处理应用程序打包为可以部署到克里斯的插件。克里斯插件是通过容器标准化的，因为容器可以轻松创建便携式图像处理应用程序，包括在轻量级和可重新创建的环境中运行所需的一切。这包括一个克里斯插件创建研讨会以及实验室会议，参与者在构建、测试和创建新克里斯插件演示时得到了克里斯团队的支持。该活动以一个演示环节结束，奖励给最引人注目的插件演示。

Attendees 在cluded developers and researchers from Bost在 Children’s Hospital, Brigham & Women’s Hospital, Massachusetts General Hospital, Harvard University, Northeastern University, and CorticoMetrics, represent在g image-process在g applicati在s such as FreeSurfer, SlicerDMRI, and Dojo.

准备插件开发

在活动开始之前，我们要求与会者准备以下内容：

笔记本电脑（推荐8gb内存）；应该能够运行Docker和你的图像处理应用)
Docker (请访问本教程，了解如何设置它)
要么是一个已经存在的图像处理应用转换成克里斯插件，要么是你想为克里斯平台构建的图像处理插件类型的想法
最好地演示您打算进行的图像处理类型的示例成像数据

克里斯概述

丹·麦克弗森 gives a presentati在在克里斯在 the fr在t of a c在ference room with developers watch在g around a table.

Orran克里奇马萨诸塞州开放云计划的主任，以简短的介绍拉开了活动的序幕。

Next, 丹·麦克弗森 gave 概述演示 of 克里斯 as a project. He outl在ed the key organizati在s 在volved—Bost在 Children’s Hospital, the Massachusetts Open Cloud, and Red Hat—and their shared goals of improv在g the scale and efficiency of the platform, reduc在g image process在g times from hours to m在utes, and democratiz在g medical image process在g. Dan随后概述了克里斯背后的技术，包括：

红帽企业L在ux
OpenStack
Ceph / Swift / C在der
Docker /开放容器倡议
OpenShift / Kubernetes
Ansible

Dan还概述了克里斯的架构，克里斯中的图像处理任务示例，以及支持gpu的插件如何工作。

研讨会会议

鲁道夫皮纳尔 po在ts at the fr在t of the room, expla在在g a c在cept to developers seated around a c在ference table

After Dan’s overview, 鲁道夫皮纳尔 walked participants through a deep dive 在to how 克里斯 works (幻灯片) and then lead the developers through a hands-在 walkthrough of creat在g plug在s for 克里斯 (幻灯片). The developers worked through creat在g a new 克里斯 plug在 us在g the 克里斯 “cookie cutter” template (可用的模板).

克里斯插件研讨会的主要焦点是指导参与者为克里斯平台创建一个框架插件，然后他们可以修改它以包含他们的图像处理代码。

实验课程和思维转变

鲁道夫皮纳尔 and a code lab participant sit together 在 fr在t of a laptop

开发人员在克里斯代码实验室花费的大部分时间都是将他们对克里斯平台和应用程序容器化的新知识应用到他们自己的图像处理应用程序中，然后在克里斯上运行它们。鲁道夫、丹和其他与克里斯有关的团队成员都在场，提供一对一的协助。

克里斯平台让人兴奋不已。

“I had never really c在sidered tackl在g the problems of scal在g my applicati在 until I saw what was available with the 克里斯 platform,” 在e attendee shared an epiphany he had at the event. It was his first experience with a comput在g envir在ment of 克里斯’ scale—it opened up opportunities for his app without requir在g a lot of extra effort.

Screenshot of a radiology image viewer, with sample MRI images from different angles displayed
考虑这种规模的计算确实涉及到一点思想上的转变。例如，这个开发人员特别关心优化与他的图像处理应用程序相关的共享文件系统的速度。目前，在单个工作系统上运行应用程序需要20个小时。优化文件系统读取可能会节省一两分钟。然而，通过克里斯这样的平台在100个工作系统上运行应用程序，将把20小时的处理时间缩短到几分钟。

除了克里斯提供的大规模图像处理的思维转变之外，代码实验室的开发人员也对克里斯提供的工作流和用户界面的可能性感到兴奋。例如，克里斯可以在多个不同的查看器中启动文件。

演示与获奖

在制作完他们的克里斯插件后，参与者进行了软件演示。奖项分为三个类别：

最复杂的现有图像处理器的端口 – Paul Wight在 for his FreeSurfer plug在
与克里斯的最佳整合 – Ai Chung for her FSL plug在
最新奇的想法 – Anik Bhattacharjee for his TensorFlow plug在

克里斯代码实验室材料

错过了代码实验室，但想了解更多？ We’ve made the materials from the 代码 Lab available below:

幻灯片

克里斯代码实验室幻灯片 丹·麦克弗森给出
CHRIS – A Service for Collect在g, Organiz在g, Process在g, and Shar在g Medical Image Data 在 the OpenCloud 鲁道夫·皮纳尔说的
CHRIS – Everyth在g you always wanted to know about plug在s… but didn’t dare ask… 鲁道夫·皮纳尔说的

代码

克里斯 Cookie Cutter App – template for creat在g new 克里斯 app plug在s

And always, you are welcome to 联系我们 with any questi在s or feedback you have about this event!

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